高壓下運行時，反滲透設備中要是含有殘余氣體，就會形成氣錘導致膜損壞。一般有兩種情況，當設備排空重新運行時，要是氣體沒有排盡會導致快速升壓運行。要在2～4bar的壓力下把剩下的空氣都排盡再慢慢升壓運作。

當預處理設備和高壓泵的接頭密封不好或漏水、預處理供水不足時，要是微濾有堵塞，在密封不好的地方會因為真空吸進空氣，這就要清洗或更換微濾器，確保管路不漏。當流量計中無氣泡的條件下要逐漸升壓運行，在運行時發現氣泡就要降壓檢查原因。

設備關機時的方法不正確

在關機時，快速降壓沒有充分沖洗。加上膜濃水側的無機鹽濃度比原水高，容易結垢致污染膜，可以使用加了化學試劑的預處理水進行沖洗。含有化學試劑的水在設備停運時可能會導致膜污染。反滲透設備準備關機時,要停止添加化學試劑，逐漸降壓到3bar再用預處理好的水沖洗 10分鐘，直到濃縮水的TDS和原水的TDS接近。

設備消毒保養不當引起微生物污染

這是復合聚酰胺膜在使用時常常遇到的問題。由于聚酰胺膜耐余氯性差，使用時無正確添加氯等消毒劑，而且用戶沒有重視微生物問題，容易引起微生物污染。現在很多廠家所生產的純水微生物超標，都是消毒或保養不當引起的。一般表現為：出廠時，設備沒有用消毒液進行保養，當設備安裝好后也未對整個管路和預處理設備作消毒；間斷運行而不消毒和保養；沒有定期對預處理設備和反滲透設備消毒；保養液失效或濃度不夠。